相传达室岳飞给关在狱中之时，知道已无活命之望，把生平所学的行军布阵、练兵攻伐的秘要，详详细细地写了一部书，只盼得到传人，用以抗御金兵。岳飞把那部兵书贴身藏了，写了四首什么《菩萨蛮》、《丑奴儿》、《贺圣朝》、《齐天乐》的词，这四首词格律不对，平仄不对，句子颠三倒四，不知所云。原来这四首词须得每隔三字的串读，先倒后顺，反复连贯，便即明明白白。岳飞在这四首词中嘱咐后人习他的兵法遗书，直捣黄龙，灭了大金。
完颜洪烈想要找到《武穆遗书》，却不知此书在铁掌帮禁地。郭靖黄蓉为逃避裘千仞的追杀，误入禁地，得到此书。
《武穆遗书》的第一页上写着１８个大字，曰：“重搜选，谨训习，公赏罚，明号令，严纪律，同甘苦。”
此书中诸凡定谋、审事、攻伐、守御、练卒、使将、布阵、野战，以及动静安危之势，用正出奇之道，无不详加阐述。郭靖后来在蒙古账中，曾将他所统的万人队，操练天覆、地载、风扬、云垂、龙飞、虎翼、鸟翔、蛇蟠八个阵势。这八阵原为诸葛亮依据古法而创，传到岳飞手中，又加多了若干变化。
术赤与察合台不和，双方打斗起来，郭靖令旗挥动，各队旋转，蛇蟠阵登时化为虎翼阵，阵面向左，右前天冲四队居为前首，其余各队从察合台军两侧包抄了上来，只左天前冲二队向着术赤军，守住阵脚。察合台下令向郭靖军冲杀，但那虎翼阵变化精微，两翼威力极盛，乃当年韩信在垓下大破项羽时所创。兵法云：“十则围之。”本来须有十倍兵力，方能包围敌军，但此阵极尽变幻，竟能以少围多。
术赤见郭靖挥军击溃了察合台，不由得又惊又喜，郭靖却前队变后队，后队变前队，四下里围了上来。术赤久经阵战，但见了这等阵仗，也是惊疑不已，急忙喝令拒战，却见郭靖的万人队分作十二小队，不向前冲，反向后却。术赤更是奇怪，哪知道这十二队分为大黑子、破敌丑、左突寅、青蛇卯、摧凶辰、前冲巳、大赤午、先锋未、右击申、白云酉、决胜戌、后卫亥，按着十二时辰，奇正互变，奔驰来去。十二队阵法倒转，或右军左冲，或左军右击，一番冲击，术赤军立时散乱。不到一顿饭工夫，术赤也是军溃被擒。
袁承志无意中得到《金蛇秘笈》，翻开阅读，上面写满密密小字，又有许多图画。有的是地图，有的是武术姿势，更有些兵刃机关的图样。前面是些练功秘诀以及打暗器的心法，与他师父及木桑道人所授大同小异，约略看去，秘笈中所载，颇有不及自己所学的，但手法之阴毒狠辣，却远远过之。袁承志心想，这次险些中了敌人的卑鄙诡计，日后在江湖上行走，难保不再遇到阴恶的对手，这些人的手法自己虽然不屑使用，但知己知彼，为了克敌护身，却不可不知，于是对秘笈中所述心法细加参研。一路读将下去，不由得额头冷汗涔涔而下，世上原来竟有这种种害人的毒法，当真是匪夷所思。
读到第三日上，见秘笈所载武功已与自己过去所学全然不同，不但与华山派武功无丝毫共通之处，而且从来不曾听师父说起过，那也并非仅是别有蹊径而已，直是异想天开，往往与武学要旨背道而驰，却也自具克敌制胜之妙。袁承志一艺通百艺通，武学上既已有颇深造诣，再学旁门自是一点即会。秘笈中所载武功奇想怪着，一学之下，再也不能自休，当下不由自主地照着秘笈一路练将下去。练到２０余日后却遇上了难关，秘笈中要法关窍，记载详明，但根基所在的姿势却无图形，诀要甚是简略，不知招式，只得略过不练。
袁承志再也忍耐不住，带了绳索火把，又去当年寻得秘笈的洞中，举起火把往壁上照去，对壁上图形一加琢磨。袁承志发壁上图形现果是秘笈中要诀的图解。他心下大喜，照图试练，暗暗默记，花了几个时辰，将图形尽数记熟了，在金蛇郎君墓前又拜了两拜，谢他遗书教授武功。
袁承志读到最后三页，只见密密麻麻地写满了口诀，参照前面所载，有些地方变化精奥，颇增妙悟，但一大半却全不可解。埋头细读这三页口诀，苦思了两天，总觉其中矛盾百出，必定另有关键，但把一本秘笈翻来覆去地细看，所有功诀法门实已全部熟读领会，更无遗漏。他重入山洞，细看壁上图形，仍是难以索解。
此时袁承志武学修为既到如此境界，见到高深的武功秘奥而竟不探索到底，实所难能，想将秘笈烧了，可烧了良久，那书的封面只薰得一片乌黑，竟是不能着火。他心中大奇，用力拉扯，那书居然纹丝不动。他此时混元功已成，双手具极强内家劲力，这一扯力道非同小可，就是铁片也要拉长，不料想这书居然不损，情知必有古怪，细加审视，原来封面是以乌金丝和不知什么细线织成，共有两层。他拿小刀割断钉书的丝线，拆下封面，再把秘笈在火上焚烧，这一下登时火光熊熊，把金蛇郎君平生绝学烧成了灰烬。再看那书封面，夹层之中似乎另有别物，细心挑开两层之间连系的金丝，果然中间藏有两张纸笺。
一张纸上写着“重宝之图”四字，旁边画了一幅地图，又有许多记号。图后写着两行字：“得宝之人，务请赴浙江衢州石梁，寻访女子温仪，赠以黄金十万两。”
另一张纸笺上写的，却密密的都是武功诀要，与秘笈中不解之处一加参照，登时豁然贯通，果然妙用无穷。
袁承志眼望天上明月，《金蛇秘笈》中种种武功秘奥，有如一道澄澈的小溪，缓缓在心中流过，清可见底，更无半分渣滓，直到红日满窗，这才醒觉。只是这些武功似乎过分繁复，花巧太多，想来那是金蛇郎君的天性使然，喜在平易处弄得峰回路转，使人眼花缭乱。经此一晚苦思，不但通解了金蛇郎君的遗法，而对师父及木桑道人所授诸般上乘武功，也有更深一层体会。他望着两页白笺，一堆灰烬，呆呆出神，暗叹金蛇郎君工于心计，故意在秘笈中留下令人不解之处，诱使得到秘笈之人刻意探索，终于找到藏宝地图。如果秘笈落入庸人之手，不去钻研武功的精微，那么多半也不会发现地图。他把两张纸笺仍然夹在两片封面之间，再去山洞取出金蛇剑来，练熟了剑法，才将金蛇剑插还原处。
《金蛇秘笈》中介绍的较为详细的武功和武器有：
“金蛇游身拳”，使用时身形便如水蛇般游走不定。这是金蛇郎君手创的，系从水蛇在水中游动的身法中所悟出。
“金蛇擒鹤拳”。
“独臂刀法”。袁承志曾将一套独臂刀法细细说了给罗立如听，罗立如武功本有根底，袁承志又一招一式地教得甚是仔细，连续教了５天，罗立如已牢牢记住，只待臂伤痊愈了，就可习练。这套刀法得自《金蛇秘笈》，与江湖上流传的左臂刀法大不相同，招招险，刀刀快，实是厉害不过。罗立如虽断一臂，却换来了一套足以扬名江湖的绝技，可说是因祸得福，心里欢喜不尽。
“黄金蛇形锥”，是一种暗器，长约二寸八分，打成昂首吐舌的蛇形，蛇舌尖端分成双叉，每一叉都是一个倒刺。蛇形锥灿烂生光，是黄金所铸。
“金蛇剑”，整柄剑就如是一条蛇盘曲而成，蛇尾勾成剑柄，蛇头则是剑尖，蛇舌伸出分叉，是以剑尖竟有两叉。那剑金光灿烂，握在手中甚是沉重，看来竟是黄金混合了其他五金所铸，剑身上一道血痕，发出碧油油的暗光，极是诡异。
袁承志持剑微一舞动，登时明白了“金蛇剑法”的怪异之处，原来剑尖两叉既可攒刺，亦可勾锁敌人兵刃，倒拖斜戳，皆可伤敌，比之寻常长剑增添了不少用法，先前觉得“金蛇剑法”中颇多招式甚不可解，原来用在这柄特异的金蛇剑上，尽成厉害招术。
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