1992年，考古学者晁华山在确认了大量摩尼教洞窟后特地致函金庸，说《倚天屠龙记》中对摩尼教教义的阐述和许多教规、习惯的描写，真是难得的准确。（《人民日报》1993年12月11日第八版）能得到专家的如此赞誉，金庸在这方面所下功夫之深自不待言。
摩尼教亦即明教（杨宪益先生反对此说，认为明教与摩尼教无关，而是婆罗门教在中土唐代以后的名称，详见北京三联书店1983年版《译余偶拾》第317-337页，但没有得到学术界的普遍认同）。《倚天屠龙记》有言及明教与明朝国号的渊源之处，颇引人注目：
其后朱元璋虽起异心，迭施奸谋而登帝位，但助他打下江山的都是明教中人，是以国号不得不称一个“明”字。（第1562页）
朱元璋登基之后，反下令严禁明教，将教中曾立大功的兄弟尽加杀戮。（第1591页）
明朝国号承自明教，是吴晗的创见。金庸很可能参考过吴晗的《明教与大明帝国》（载北京三联书店1979年第1版第4次印刷《读史劄记》第235-270页）。在这篇长文中，吴晗说：
至“大明”之国号，则私见以为出于韩氏父子之“明王”，明王出于《大小明王出世经》。《大小明王出世经》为明教经典，明之国号实出于明教。（第236、237页）
第以其部曲多红军，为笼络宋主旧部、徐陈降将，为迎合民心，均不能放弃“明王出世”之说。建大明为国号，一以示其承小明王而起，一以宣示“明王”已出世，使后来者无所藉口。（第262页）
然“明王出世”“弥勒降生”均含有革命意义，明暗对立，互为消长，而终克于明。弥勒则有三十次入世之说。使此说此教仍继续流传，则后来者人人可自命为明王，为弥勒，取明而代之，如明太祖之于宋小明王。……洪武元年……诏禁白莲社及明尊教。（第267页）
《明教与大明帝国》是写《倚天屠龙记》的重要参考资料，还有蛛丝马迹可寻。《倚天屠龙记》第975页引了一篇南宋王居正的奏章，“臣闻事魔者”一句之前有所节略，张无忌读了一半时说：“那王居正虽然仇视本教，却也知本教教众节俭朴实，相亲相爱。”参之以《明教与大明帝国》（第248、249页）所引，不仅同样略去了那一部分文字，吴晗所论“明教互助合作之精神，淳朴节俭之生活，虽其抨击者亦赞叹言之”竟也与张无忌之语意完全吻合。这难道是巧合吗？钱钟书先生《容安馆札记》第六百四十则：
又按《诸家诗话》中录刘辰翁《赵仲仁诗序》，必自《谈艺录》第四十一页转录，故亦略去“味其言外似多有所不满而不知”、“也”等十四字。
钱仲联先生做学问如此，不免受钱钟书先生之讥；金庸先生作小说如此，就是其妙处了。金克木先生说得好：
阁下所透露的史学佛学见解，论水平未必是“超一流”，若著书立说也不见得能称首席什么家，得什么国际大奖。然而以史学佛学入小说，在武侠中讲“破相”，那就超人一等了。（《末班车》第124页）
《明教与大明帝国》写于1940年末，刊于《清华学报》十三卷一期。后被编入《读史劄记》于1956年出版。此时及稍后数年，金庸尚在香港的“左派阵营”之内，见到此书或许即在其间。当然，以其嗜史之深，稍后觅得亦是常事。
然而，70年代末以来，这一几成定论的观点受到了质疑。有学者认为“明王”源出佛教，与明教主神“明使”无关，“明王出世”之说系指孔雀明王；领导元末起义的白莲教“三世佛”教义与明教“二宗三际”教义的比附纯属附会，且二教融合缺乏客观可能性。（详见《中国秘密社会》第二卷《元明教门》第46—55页，福建人民出版社2002年版）不过，元末本的《推背图》第一幅就是一人手持日月，而日月则是明教的象征，这又怎么解释呢？
历史领域的学术纷争且由它去。《倚天屠龙记》的史感已足，作者再行修订，想必无须“与时俱进”了吧？晁华山先生称道的，原也是对摩尼教教义的阐述和许多教规、习惯的描写。“以史学佛学入小说，在武侠中讲‘破相’，那就超人一等了。”
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